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隨著港澳地區的稅收居民個人來往于內地工作的人數日益增多，國家稅務總局已關注到由於內地與港澳地區採用的收入來源判定方法的不一致而導致的雙重徵稅問題亦逐漸突出。
國家稅務總局於2012年 4月 26日出臺了國家稅務總局公告[2012] 年第 16號（以下簡稱“16 號公告”），以解決港澳稅收居民到內地履行工作職責所面臨的雙重徵稅問題。16 號公告於 2012 年 6 月 1 日起生效，適用於自生效日起取得的工資薪金所得。
根據16號公告，符合下述情形的港澳稅收居民才有資格適用于優惠的個人所得稅處理方法：
1. 在港、澳受雇；或
2. 在內地與港、澳間雙重受雇。
根據以上第一種受雇情形，個人所得稅計算公式:
當月工資應納個人所得稅額 x (當月境內實際停留天數 / 當月西曆天數)
根據以上第二種受雇情形，個人所得稅計算公式:
當月工資應納個人所得稅額 x (當月境內實際停留天數 /當月西曆天數) x (當期境內支付或承擔的工資 /當期境內外支付或承擔的工資總額)
如港澳稅收居民入境、離境、往返或多次往返境內外的當日，按半天計算為當期境內實際停留天數。
16 號公告亦規範港澳稅收居民取得於受雇期 (可能跨多個計稅期間)的一次性收入(如獎金) 。該公告法明確獎金按照所屬期間內地實際停留天數占總受雇期(西曆天數)比例劃分所得來源地，並根據上述兩種受雇情形的個人所得稅計算公式來計算。
另外，港澳稅收居民在每次享受相關稅務優惠待遇時，應該向主管稅務機關進行備案。儘管16號公告中尚未對如何實施備案予以細化，可以預見的是，個人或雇主在進行備案資料提交時，需要同時遞交一份關於符合相關條件適用優惠待遇的書面申明。
